פרקי הפילרים של האנימה

כיוון שהאנימה השיגה את המאנגה הוחלט לשדר פילרים שלא כלולים בסיפור המקורי של המאנגה. סיפורים אלה מתרחשים בפרק הזמן של שלושת החודשים בין עריקתו של סאסקה לבין עזיבתו של נארוטו ביחד עם ג'יראייה לשנתיים וחצי. בזמן זה טסונדה (ההוקאגה החמישית) מנסה להעסיק את נארוטו כמה שיותר כדי שלא ירדוף אחרי סאסקה לבדו. במרבית מהפרקים מסופר על הרפתקאות קצרות של נארוטו ושאר חבריו ואין להם השפעה רבה על האירועים בהמשך.

1. הסתננות למאורתו של אורוצ'ימארו, פרקים 136–141: ג'יראייה, נארוטו וסאקורה מסתננים למאורתו של אורוצ'ימארו בנסיון להחזיר את סאסקה.
2. מיזוקי מכה שנית, פרקים 142–147: בסיפור זה חוזר מיזוקי לנקום בנארוטו ואירוקה אשר סיכלו את מזימתו הקודמת לגנוב מגילות חשובות מהכפר בפרק הראשון.
3. ביקוצו, פרקים 148–151: משימה משותפת של נארוטו וצוות קורנאיי בחיפוש אחר חרק אגדי אשר מסוגל להתחקות אחר עקבות הריח של סאסקה. אך ישנם גם אחרים שמחפשים אחר החרק.
4. ראייגה, פרקים 152–157: משימה של נארוטו וצוות גאי לתפוס את ראגייה, שמטיל את חיתתו על כפר קטן וייתכן שיש לו מידע על קיסמה הושיגקי, חבר בארגון אקאטסוקי (שבו היה חבר בעבר גם אורוצ'ימארו).
5. אימוני הישרדות, פרק 158: נארוטו ושאר הגנין (הדרגה הראשונה של הנינג'ות) לוקחים קבוצות של נינג'ות צעירים לאימון הישרדות. נארוטו מושם אחראי על קונוהמארו וחבורתו אך מאבד את הדרך.
6. צייד ראשים, פרקים 159–160: על נארוטו, קיבּ‏ה והינאטה מוטלת משימה: לתפוס גנב פשוט. אך צייד ראשים מיסתורי בשם סאזאנאמי גם כן רודף אחרי הגנב, מה שמוביל לעימות ביניהם.
7. חיות ירוקות, פרק 161: שני זרים מסתננים לכפר על ידי התחזות לרוק לי ומאיטו גאי מתוך כוונה לגלות את סודות הכפר, כולם מזהים שמדובר במתחזים חוץ מנארוטו...
8. ארץ הציפורים, פרקים 162–167: נארוטו, נג'י וטנ-טן נאלצים לפתור סיפור מיסתורי על רוח רפאים, מה שמסבך אותם בקונפליקטים הפנימיים של ארץ הציפורים.
9. סיר בוער, פרק 168: נארוטו, סאקורה וצ'וג'י עוזרים לטבח הכפר בתחרות בישול מול "טבחי הנינג'ה" במטרה להציל את בתו.
10. ארץ הים, פרקים 169–173: נארוטו, אינו ושינו תחת פיקודה של אנקו מיטאראשי, נוסעים לארץ הים להביס מפלצת ים. אנקו נזכרת מחדש בזמן שהייתה תלמידתו של אורוצ'ימארו.
11. יסוד הכסף מול יסוד האמת, פרק 174: נארוטו מקבל משימה לשחק עם בנו המפונק של תכשיטן עשיר ביחד עם עוד כמה משימות קטנות.
12. חיפוש אחר המטמון, פרקים 175–176: נארוטו שוב מצוות עם קיבּ‏ה והינאטה במשימת חיפוש אחר מטמון חבוי. אם יכשלו במשימה הם יוחזרו חזרה לאקדמיה.
13. כפר המעיינות החמים, פרק 177: נארוטו מוצא את ג'יראייה בכפר המעיינות החמים מנסה לסיים את הספר החדש שלו. נארוטו מוסר את כתב היד לנינג'ה שליח מיוחד כדי שיגיע בזמן אך החבילה מוחלפת במסמך חשוב ביותר. נארוטו וג'יראייה חייבים להחזיר את המסמך לפני שתפרוץ מלחמה.
14. הושיגאקורה, פרקים 178-183: נארוטו מצטרף לצוות גאי למשימה בהושיגאקורה (הכפר החבוי בכוכבים) כדי לשמור על מטאוריט מיוחד בעל כוחות מיסתוריים. שם הוא פוגש בסומארו, נער, אשר כמו נארוטו, שואף להיות קאגה (ראש הכפר). אך לכפר בעיות רבות וסודות מסתתרים מתחת לפני השטח.
15. יומו הארוך של קיבּ‏ה, פרק 184: אקאמארו (כלבו של קיבּ‏ה) נדבק בנשק ביולוגי שגורם לו להתקפי טירוף, ועל קיבּ‏ה מוטל התפקיד להצילו.
16. האונבא האגדי, פרק 185: יצור מוזר מטפס על גבו של נארוטו והוא לא מסוגל להורידו. טסונדה מנחשת שמדובר ב"אונבא" האגדי. ברגע שהוא נדבק אליך הוא לא יורד עד שהוא גודל.
17. שינו הצוחק, פרק 186: נארוטו ושינו מלווים את פואוטה, היורש של שבט קאגטסו. אף אל פי שפואוטה ירש את כל הנכסים מראש השבט הקודם יש תנאי אחד: אסור לו לצחוק בעת ההלוויה.
18. מרכז ההובלות של קונואה, פרקים 187–191: בקשה מגיעה מהשליט של ארץ הירקות, ללוות שיירה של רוכלים. נארוטו, צ'וג'י והינאטה מצטרפים לרוכלים למסע, אך הם מותקפים על ידי שלושה נינג'ות מיסתוריים.
19. גן עדן שמנמן, פרק 192: אינו נבחרת למשימה על ידי בתו של דאימיו, הנסיכה פוקו. משימתה היא להתחזות לנסיכה במפגש עם חתנה המיועד כיוון שהנסיכה עלתה במשקל. נארוטו מתלווה אליה והבעיות לא מאחרות להגיע.
20. הדוג'ו של לי, פרק 193: לי בונה דוג'ו משלו במטרה להתאמן על ידי קרבות עם קוראי תיגר (הפרס לזוכה הוא הבעלות על הדוג'ו). גאי מתכנן להענות לקריאת התיגר אך קריאת חירום מחייבת אותו לעזוב. פולש מתחפש לגאי במטרה להסתנן לכפר ונארוטו חושב שמדובר בגאי.
21. הטירה המקוללת, פרק 194: נארוטו, הינאטה וקיבּ‏ה נשלחים לארץ הדבש בחיפוש אחר אישתו של דאימיו. שם הם מוצאים טירה מוזרה ונכנסים פנימה בחיפוש אחר רמזים.
22. החיה הירוקה השלישית, פרקים 195–196: גאי מתבקש להדריך נער בשם יאגורה, אך נראה שהנער רק מעוניין לנקום בגאי על שהביס את אביו.
23. קונוהא 11(פרפראזה על שם הסרט "אושן 11") פרקים 197–201: נגר זקן בשם גנואו גונב תוכניות של המיבנים בכפר. טסונדה, שחוששת שמדובר בתכנון פלישה נוספת לכפר, ממנה את שיקאמארו ביחד עם עשרה מהגנין האחרים לחקור את העניין.
24. 5 הקרבות הטובים ביותר, פרק 202: ספיישל ששודר לקראת העברת משבצת השידור מיום רביעי לחמישי ביפן. דירוג 5 הקרבות הטובים ביותר שבחרו הצופים מלווים בפרשנות של נארוטו וסאקורה עם אורחים נוספים.
25. שבט קוראמה, פרקים 203–207: קורנאיי עוזבת את תפקידה כראש צוות 8 כדי לטפל במקרה שבו מעורבת תלמידה שלה לשעבר.
26. חפץ נדיר, פרק 208: על נארוטו וקיבּה מוטלת משימה להגן על חפץ נדיר‏. הם נאלצים להתמודד בו-זמנית מול יחס מחפיר מצד בעל החפץ ומול כנופיית שודדים הזוממים לגנוב את החפץ יקר הערך.
27. האויב הוא שינובאזו, פרקים 209–212: נארוטו, סאקורה ולי נשלחים לשמור על העברה של אסיר, אחד מחבורת "שינובאזו" (נינג'ות שהפכו לפושעים), לכלא.
28. מֶ‏אנמה, פרקים 213–215: נארוטו מוצא נער מוזר שסובל מאמנזיה, הם יוצאים ביחד עם נג'י וטן-טן למשימה כדי לנסות ולהשיב לו את זיכרונו.
29. שיטנשונין, פרקים 216–220: רבעיית נינג'ות מסתורית בשם שיטנשונין חוטפות מתלמדת מכפר החול כדי לאלץ את גאארה להתמודד מולם, עשרת הגנין מכפר העלה יוצאים לעזרת כפר החול. בסוף הפרק האחרון של סיפור זה נארוטו עוזב את הכפר ביחד עם ג'יראייה.