נארוטו אוזומאקי - הדמות הראשית בסדרה. כשנולד נכלא בגופו שד השועל בעל תשעת הזנבות, ועל-כן הופלה לרעה מצד אנשי הכפר, הראו בו רק את השד ולא את הנער עצמו.
תמונות:
   
סאסקה אוצ'יהא -בעל עיניי השארינגאן. אחד מבין הניצולים היחידים מהטבח בשבט האוצ'יהא. כשמתברר לו כי מאחורי הטבח עומד אחיו הבכור איטאצ'י מתאמן סאסקה ומתחזק במטרה להרוג את אחיו.פוגש את מאדרה ומגלה את הסיפור האמיתי שזה משנה את חייו.
.        

סאקורה הארונו - נערה נחמדה אשר נארוטו מאוהב בה, ומנגד היא מאוהבת בסאסקה, בעוד הוא כמעט ולא מתיחס אליה. לאחר סיום החלק הראשון, סאקורה מתקבלת כתלמידה אצל טסונאדה ההוקאגה החדשה.סאקורה מתבגרת ומבינה שכבר אין טעם להחזיר את סאסקה לכפר.במהלך משימתה מתאהבת בדיידארה מבלי לדעת שהוא אחיה של אינו.
     


קאקאשי האטקה - המנחה של נארוטו, סאקורה וסאסקה. קאקאשי נחשב לאחד הנינג'ות החכמים ביותר והחזקים ביותר בכפר העלה. לאחר מכן מתברר כי הוא היה תלמיד של ראש הכפר הרביעי, וכמו כן גם הבן של "הניב הלבן של כפר העלה", נינג'ה חזק ובעל תושייה רבה. קאקאשי אף היה מועמד לתפקיד ראש הכפר, אך מועמדותו נפסלה לאחר שטסונאדה התעוררה מהתרדמת בה היתה שרויה.
   

מאדרה-חבר מסתורי בארגון האקאטסוקי אשר עוטה מסכה ספירלית על פניו. מתברר כי הוא היה מאחורי התקפת שד השועל על כפר העלה אשר הובילה למותו של ראש הכפר הרביעי. זהותו מתבררת אחר-כך כחבר לשעבר בכפר העלה, ותוך כדי גם מוסברות יכולותיו המוזרות. מטרתו היא יצירת עולם אשלייה נצחי, בו כולם יחיו בשלווה ובשלום עם כולם, זאת עקב כך שחזה בנערותו במות אדם קרוב עליו בידי אדם קרוב אחר.


טובי-חבר בארגון אקאטסוקי.מתחלק בגופו יחד עם מאדרה אשר נפל עליו מלמעלה.בחלק השני הם מתפצלים.טובי בחור תמים וכמו כן ילד טוב.אשר בעברו עבר התעללות רבה ע''י ילדים בגילו.ננטש ע''י הוריו בגלל חוסר כסף.
 

קורנאי יוהי - אחת מהמנחות של ארבעת הצוותים הנוכחיים (צוות 8), ואישתו של אסומה.קורנאי היא אישה נאה ונחמדה ביותר ואין לזלזל בכוחה מפני שיש לה את הכוח להיות מורה.
 
שינו אבורמה - חבר בצוות 8, משמש כמארח לחרקים ושולט בהם. מתגלה כי הוא אחיו הקטן של טורונה אבורמה.
 
הינאטה היוגה - ביתו של מנהיג שבט היוגה, אחד השבטים הגדולים והמכובדים ביותר בכפר העלה. מאוהבת בנארוטו, אך מתביישת לספר לו. כמו כן, היא חברה בצוות 8.
 
קיבה אינוזוקה - חבר בצוות 8, בעל יכולת הפיכת גופו לחייתי. נושא איתו כלבלב מחמד בשם אקאמארו, אשר בחלק השני של הסדרה גדל קצת בגודלו.בחלק השני מתברר שקיבה מאוהב בהינאטה.למרות שהינאטה היא נינגה כשרונית ואחת מהצונ'ין נקבה החזקות ביותר.היא חסרת ביטחון ומדוכאת בקלות.וזאת החולשה הגדולה שלה.
     
גאי מאית - ראש צוות 10, ויריבו וחברו הטוב של קאקאשי. גאי משתמש לרוב בטאיג'וטסו במקום בנינג'וטסו, וכך הוא לימד את רוק לי.

נג'י היוגה - חבר בצוות 10, ובן-דוד של הינאטה.הוריו מתו בילדותו ולכן גדל אצל אביה של הינאטה,הוא רואה את עצמו כמנהיג טוב יותר וחזק יותר לשבט היוגה. לאחר שהוא נלחם בנארוטו, דעתו משתנה והוא מקבל את הינאטה כחברה טובה.

רוק לי - חבר בצוות 10, אשר אינו יכול להשתמש בנינג'וטסו, ועל-כן פועל באמצעות טאיג'וטסו.מתאהב בבחינות הצו'ניין בסאקורה ובחלק השני מבין שזה לא ילך ביניהם ופוגש בחורה שתהפוך לבת זוגו.

טן-טן - חברה בצוות 10, משתמשת בנשקים אותה היא מזמנת ממגילות מיוחדות. לא שייכת לאף שבט מפורסם.
יש לה הרבה גאווה והיא מאמינה בעצמה וביכולת שלה לנצח כל קרב.טנטן מעריכה מאוד את חברי הצוות שלה.במיוחד את נגי שרואה בו צוניין הכי מוכשר.
בחלק השני אפשר להבין שטנטן ונגי יוצאים.
 
אסומה סארטובי - ראש צוות 9, ובנו הצעיר ביותר של ראש הכפר השלישי. אסומה נוטה לעשן, והתקפותיו מבוססות עשן.בחלק הראשון נרצח ע''י אקאטסוקי בחלק השני של הסדרה נולד לו ולקורנאי בן.
   
שיקאמרו נארה - נינג'ה חכם ובעל יכולת ניתוח מצבים מהירה מאוד. הוא חבר בצוות 9, ומייחס חיבה רבה למנחו.בחלק הראשון נרשם לבחינות הצו'ניין והיחד מחברי הצוות שלו שהגיע לגמר.אחרי הגמר מתחבר לטמארי והופכים לזוג בחלק השני הם נפרדים הגלל מות אסומה ושיקאמרו מתאהב באינו.

צ'וג'י אקימיצ'י - חבר בצוות 9, בעל יכולת הגדלת גופו. צ'וז'י די שמן, אך אינו אוהב שמעירים לו על כך.צ'וג'י הוא בחור נחמד ואופטימי שתמיד משתדל לחשוב שהכל לטובה.צ'וג'י מאוהב באינו אך לא מסוגל להגיד לה זאת ולכן מעדיף לשתוק.
 
אינו יאמאנקה - חברה בצוות 9, בעלת יכולת העברת שליטה מוחית אך אם זאת לא מיומנת מספיק.בחלק הראשון מחבבת את שיקאמרו ואת צ'וג'י כידידים קרובים.בחלק השני מתאהבת בשיקאמרו והופכת לבת זוגו.כשמגלה שבחינות הצו'ניין קרובות מבקשת משיקאמרו שיחזק אותה כדי שתוכל לעמוד מול סאקורה במהלך האימונים מתחזקת ולומדת לשלוט בכל היכולות של שבט יאמאנקה.
אינו בעלת אופי נלהב.בעלת אנרגיות חיוביות.היא אוהבת לעזור ולעודד את חבריה בשעת הצורך.
         

יאמאטו -הוא שינובי בדרגת אנבו, שכרגע אינו מתפקד בתור אנבו, משום שעליו לפקח על התפרצויות הקיובי של נארוטו. למעשה, יאמאטו הוא שמו הבדוי, שמו האמיתי הוא טינזו. יאמאטו מסוגל להשתמש במוקטון, קקיי גנקאי יחודי לשודאימה הוקאגה, ולכן הוא אחד מהשינובי החזקים ביותר בקונוהאגאקורה. בנוסף, קור רוחו, היסודיות של אופן פעולתו והאינטליגנציה הגבוהה שלו גורמים להיותו אנבו כה יעיל ומובחר.
 
סאי - חבר בארגון יסוד, והמחליף של סאסקה בצוות 7 בחלק השני של הסדרה. בהתחלה נוטה להיות נאמן לדאנזו, אך לאחר מכן נהיה נאמן לנארוטו והופך לחברו.
 

טמארי- היא אחת השינובי המצטיינות ביותר בדרגת הצ'ונין בכפר החול הנסתר אשר נמצאת בדרכה של שומרת ראשית אחראית על השמירה בכפר. הייתה תלמידה של באקי יחד עם אחיה. טמארי יחסית אגרסיבית בשביל נקבה, אך היא בכל זאת לא תוקפנית כל כך, ובדרך כלל מעדיפה להימנע מקרב.בבחינות הצו'ניין טמארי נלחמה נגד נארה שיקאמארו. לאחר קרב ממושך בעל אסטרטגיה מעולה משני הצדדים, נארה שיקמארו נכנע וגרם לנצחון אוטומאטי של טמארי, למרות שעמד לנצח.לאחר החלק הראשון טמארי ושיקאמרו הפכו לזוג וכנראה נפרדו שאסומה מת.
 

קאנקורו- הוא אחיו הגדול של גאארה וטמארי,הוא אחד מהשינובים המצטיינים והחכמים ביותר בכפר החול הנסתר.קאנקורו בדרכה שומר ראשי ונמצא בראש החכמים.קאנקורו היה תלמיד של באקי.קאנקורו יחסית לאחיו עדין יותר ואכפתי אך מתעצבן מהר שזה קשור לאחים שלו.

גאארה- הוא אחד השינובי החזקים ביותר בכפר החול הנסתר, אשר בעבר השתייך לקבוצה אחת יחד עם טמארי וקאנקורו תחת הנהגתו של באקי. כרגע, גאארה נמצא בדרגת הקאזהקאגה של כפר החול. גאארה היה בעבר הג'ינצ'וריקי של שוקאקו,אך השד הוצא ממנו על ידי האקאטסוקי.גאארה הוא בנם הצעיר ביותר של הקאזהקאגה הרביעי
   
ג'יראיה - היה המורה של ההוקאגה הרביעי, פיין ונארוטו. פיתח את הג'וטסו של ההוקאגה הרביעי, הרסנגאן, ולימד את נארוטו כיצד להשתמש בו. יצא למסע אימונים יחד עם נארוטו בין החלק הראשון והשני של הסדרה. ג'יראיה נהרג בקרב עם פיין לאחר שניסה לגלות מידע על פיין.

טסונאדה - הנכדה של ההוקאגה, וראש הכפר החמישית. עזבה את הכפר בכדי לנוח במשך שנים רבות, במהלכן הימרה על סכומי כספים רבים, והפסידה את כולם. חזרה לכפר לאחר שג'יראייה שכנע אותה לחזור ולכהן בתפקיד ההוקאגה.
     
שיזונה-היא העוזרת של ההוקאגה החמישית.שיזונה היא נינגה רפואה מוכשרת, בדומה לטסונאדה עצמה. שיזונה מאוד קרובה לטסונאדה, והיא אחת מהאנשים היחידים בעולם שטסונאדה בוטחת בהם. היא מתמחה בלחימה בעזרת רעלים. שיזונה גם דואגת לטון טון.חזיר המחמד של טסונאדה.שיזונה היא אישה פרקטית, רגועה וקרת רוח ובניגוד לטסונאדה, היא לא מתעצבנת במהירות.שיזונה היא אחייניתו של דאן. מאהבה המנוח של טסונאדה. לאחר מותו של דן, טסונאדה עזבה את קנוהא ושיזונה הצטרפה אליה.
 
אורוצ'ימארו - התלמיד המועדף על סארטובי, וגם החכם ביותר מבין השלישיה. ביצע ניסויים לא חוקיים ונוראיים בבני כפרו, ולאחר שהוגלה על-ידי ההוקאגה השלישי, חזר בכדי לנקום בו, ותוך כדי כך הרס חלק גדול מכפר העלה, ורימה את כפר החול בכדי שישלבו איתו פעולה. בעבר אורוצ'ימארו היה חבר בארגון הסודי יסוד, ותוך כדי כך גם היה אחראי להשתחררות חסרת הרסן של השור בעל שמונת הזנבות בכפר הענן. אורוצ'ימארו נהרג כביכול מספר פעמים במהלך הסדרה, אך תמיד היה לו קלף נוסף בשרוול, ועל כן הצליח לשרוד. לאחר החזרת שד המפלץ בעל עשרת הזנבות, אורוצ'ימארו עובר לצד הטוב, ומחייה את ראשי הכפר הקודמים.

אקאטאסוקי הוא ארגון פשע של נינג'ות שערקו מכפריהם. הארגון מכיל עשרה חברים אשר פועלים בזוגות:

איטאצ'י אוצ'יהא- אחד מהנינג'ות החזקים ביותר משבט האוצ'יהא. היה חבר לשעבר ביחידת האנבו של כפר העלה, עד לרגע עריקתו מהכפר, כאשר רצח את כל חברי שבטו. אחיו הבכור של סאסקה.
   
קיסאמָה הושיגאקה- אחד משבעת סייפי הערפל, ובעל החרב האגדית סאמהארה. היה חבר ביחידת האנבו של כפר הערפל, עד לרגע עריקתו כאשר התנקש בחייו של ראש יחידת האנבו.הצליח להפוך את סאמהארה לבחורה אך כעבור זמן מה חזרה להיות חרב מטרתו להפוך את סאמהארה לבחורה בעזרת מכשף מוכשר ומפורסם ולכן נכנס לאקאטסוקי.

סאסורי- חבר לשעבר בגדוד לוחמי הבובות של כפר החול, ונכדה של מקימת הגדוד. ערק לאחר שהתגלה כי הפך נינג'ות מהכפר שלו לבובות, ביניהם את הקאזאקאגה השלישי, ולבסוף גם את עצמו.

דאיידרה- חבר לשעבר ביחידת השומרים של כפר העלה.בעקבות הברזתו באקדמיה ההוקאגה השלישי החליט לשלוח אותו לטסוצ'קאגה כי ידע ששם ילמד. פיתח את אומנות הפיצוף ובכך חיזק את כוחו, ונהפף לבעל כח של שד הצינצו'ריקי בפני עצמו.משוייך לשבט יאמנקה אך לא משתמש בכוח זה מפני שהוא רק מצד האמא יאמנקה לכן לא יכול לשלוט בכוח זה כמו שצריך.לאחר שהתערב עם יאטאצ'י נאלץ להיכנס לארגון ושם הבין ששלום זה דבר העומד מאחורי אקאטסוקי.
   
זטסו- יצור צמחי דו-ראשי, בעל יכולת התפצלות ושכפול. במהלך המלחמה, צבא השינובים המאוחד נלחם בכמאה אלף העתקי זטסו.

קאקוזו- חבר לשעבר ביחידת האנבו של כפר החול. גורש ע''י הוקאגה הראשון בגלל שהך לגנב וזאת בגלל שאימו הייתה חולה מאוד ולא היה להם כסף בבית לתרופות.קאקוזו החליט לבנות את גופו מחמישה לבבות,וזה מאפשר לו יכולת לשלוט בכל יסודות הנינג'וטסויים.

הידאן-נולד בכפר העלה,נזרק מקנוהא אך ניצל בזכות ההוקאגה של כפר הגשם השלישי שגידל אותו ולימד אותו על אמונה הגרשין כשההוקאגה מת הידאן נשאר לבד והחליט ללמד את כולם על אמונה הגרשין בגלל שכך ההוקאגה רצה.הידאן נשאר לישון בבית הגרשין ושם הפך לבן אל מוות ובטוח שזה סימן שיש לו את היכולת לשנות את העולם ולכן הסכים להיכנס לארגון.
   
קונאן- חברת ילדות של פיין, ועוזרתו בכפר הגשם. מתמחה בטכניקה מיוחדת של אוריגמי.

פיין- מנהיג האקאטסוקי, וכמו כן גם ראש כפר הגשם. בעל יכולת מיוחדת: עיניי הרננגאן.

דרגות נינג'ה:

תלמיד אקדמיית הנינג'ות - תלמידים הלומדים באקדמיה לנינג'ות לא נחשבים עדיין רשמית לנינג'ות. באקדמיה לומדים טכניקות נינג'ה בסיסיות ושימוש בכלי נשק, כגון שוריקנים (כוכבי הטלה) וקונאי (סכין שגם ניתנת להטלה).

• גנין - דרגת הנינג'ה הנמוכה ביותר. מעתה הנינג'ה יתרום לכלכלת הכפר על ידי ביצוע משימות שהכפר מקבל בעבורם תשלום.
• צ'ונין - נינג'ות אשר מוסמכות להשגיח ולפקח על נינג'ות אחרות. הצ'ונין הם בעלי יכולות טקטיות ומנהיגותיות שמתפקדים כמורים או כראשי צוותים קטנים.
• ג'ונין - נינג'ות בעלי ניסיון רב ויכולות גבוהות שמשמשים בתור מפקדים.
• קאגה - תואר אשר ניתן לראשי חמשת כפרי הנינג'ה העיקריים. הקאגה הוא הנינג'ה החזק ביותר בכפר וייתכן רק קאגה אחד למרות שהתואר עצמו נשמר גם לאחר הפרישה ולכן מקובל לקרוא להם הקאגה הראשון, השני וכן הלאה.